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生命科學(xué)進(jìn)入“云”計(jì)算時(shí)代

美國賓夕法尼亞州立大學(xué)和埃默里大學(xué)的研究人員實(shí)現(xiàn)了利用“云”實(shí)現(xiàn)科學(xué)家對于與DNA(脫氧核糖核酸)測序和分析等相關(guān)軟件工具的“駕馭”,并存儲(chǔ)大量科學(xué)數(shù)據(jù)。相關(guān)研究進(jìn)展將發(fā)表在Nature Biotechnology雜志上。

“云”是強(qiáng)大計(jì)算機(jī)的基礎(chǔ)網(wǎng)絡(luò),可以遠(yuǎn)程使用,無需擔(dān)心過熱、過冷和系統(tǒng)管理。這種系統(tǒng)允許用戶無論身處何方,都能轉(zhuǎn)換軟件存儲(chǔ)的工作量和硬件的基礎(chǔ)架構(gòu),以配合遠(yuǎn)程的網(wǎng)絡(luò)計(jì)算機(jī),同時(shí)近乎支持無限的計(jì)算能力??蒲腥藛T無需在自己的電腦上運(yùn)行Galaxy,或者使用大學(xué)的服務(wù)器進(jìn)入Galaxy,卻仍能成為“云”的駕馭者。系統(tǒng)綜合了現(xiàn)有基因組數(shù)據(jù)庫和簡易網(wǎng)絡(luò)的力量,可令用戶搜索遠(yuǎn)程的資源,整合單獨(dú)的查詢數(shù)據(jù),并令結(jié)果可視化。同時(shí),其他實(shí)驗(yàn)室的科研人員也可以查看Galaxy的工作進(jìn)程,例如查看對于遺傳密碼的分析,賦予科學(xué)極大的透明性。

研究小組在之前發(fā)表的論文里,描述了如何利用Galaxy云服務(wù)為9個(gè)人分析DNA?;谶@個(gè)平臺(tái)的超強(qiáng)計(jì)算能力,科研人員能夠識(shí)別出4個(gè)單細(xì)胞內(nèi)含有兩種或兩種以上的細(xì)胞質(zhì)的區(qū)域,即線粒體內(nèi)的變異,基因組的這個(gè)部分會(huì)由母親遺傳給孩子。

此外,Galaxy云服務(wù)的一大優(yōu)勢就是它的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)和計(jì)算能力??蒲腥藛T表示,新興技術(shù)將產(chǎn)生比現(xiàn)有的下一代dna測序多100余倍的數(shù)據(jù),但目前這些數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)已經(jīng)成了問題,更不必說對其進(jìn)行分析。而使用網(wǎng)絡(luò)云服務(wù),研究人員可以選擇在**的地方存儲(chǔ)大量數(shù)據(jù)。

生物化學(xué)和生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)常會(huì)產(chǎn)生如山的數(shù)據(jù),如何分析這些數(shù)據(jù)令科學(xué)家十分頭疼。Galaxy計(jì)算系統(tǒng)是為數(shù)據(jù)密集的生物醫(yī)藥和基因研究而設(shè)的、基于網(wǎng)絡(luò)的開源平臺(tái)。其能通過聚集多個(gè)具備快速檢索功能和海量數(shù)據(jù)分析功用的工具,簡化基因組分析的工程,從而解決科研人員面臨的難題。 該服務(wù)還具有其他優(yōu)點(diǎn),例如可讓對于計(jì)算機(jī)了解不多的科學(xué)家也能使用不易接觸的DNA分析工具,因此不需要在計(jì)算機(jī)的基礎(chǔ)建設(shè)方面過多投資,也能保證數(shù)據(jù)密集、復(fù)雜的科學(xué)分析得以執(zhí)行。

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